北方高寒地区，一般是秋天播种，翌年春季定植，因此，必须做好秧苗的越冬管理工作。各地可根据气候条件确定幼苗越冬方法。一般有以下几种方法：
（1）假植越冬
又叫囤苗越冬。冬季地温在－10℃以下的地区，原地保护仍不能保证洋葱幼苗不受冻害，可在土壤封冻之前，将幼苗挖出囤放在风障北侧的浅沟内，用干细土将四周封严。要防止假植不慎而使幼苗发热腐烂，或因覆土不严而使幼苗受冻。
挖苗要及时，过早挖苗温度高，囤苗后容易出现幼苗发热腐烂现象；过晚挖苗，土壤封冻后挖苗困难，容易损伤幼苗根系。囤苗地要选择高燥、遮荫的地方，防止日晒或低洼潮湿。假植时先开沟，把挖起的幼苗密排在沟内，随挖随囤，埋深不宜超过叶的分杈处，深度一般为7～10厘米。四周要堵严、踩实，不使寒风侵入根部。假植初期，洋葱幼苗的心叶仍能缓慢生长，不可培土过厚，以免引起幼苗腐烂；严寒降临前，再覆1次薄土，还可在苗上覆盖作物秸秆防止雨雪侵袭。春季要适当早定植，以免假植沟内温度回升引起幼苗软化和腐烂。
（2）窖藏越冬
如果洋葱栽培面积不大，可利用贮藏蔬菜的地窖来贮藏洋葱苗。在土壤封冻前将幼苗挖起，捆成直径15厘米左右的小把，直立地密排在地窖中，排好一层再排一层，一直堆高到1米左右。窖壁要填上湿土，防止干燥。窖藏的初期要翻堆检查，防止幼苗发热腐烂，若有腐烂要及时清除出窖。
（3）冬季温室保护育苗
冬季保护越冬仍不安全的高寒地区，可在温室内进行冬季播种育苗。育苗期应在当地的定植前60～70天，温室日平均温度应保持在13～20℃，育成苗后，立即定植在露地。用此法育苗成本较高。
（4）小鳞茎贮藏越冬
在生长期极短的高纬地区可采用此法。第一年4～5月播种，80～90天后小鳞茎成熟。选直径2～2.5厘米的小鳞茎做翌年的播种材料。冬季将小鳞茎贮藏在－3～0℃的恒温库中，注意防止小鳞茎在贮藏过程中发芽和腐烂。翌年春，用小鳞茎代替幼苗栽植。