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对蔬菜的研究表明，施用生物有机肥可以大大提高蔬菜的根系活力,及提高豆类和瓜类植株叶片叶绿素含量，各种蔬菜可食部分的可溶性糖含量增加。
生物有机肥在粮食作物上的应用研究表明，施用生物有机肥作为基肥可以增加玉米秸秆鲜重，减少空秆率。而在出籽率、穗粒数、穗粗和穗长均有不同程度的提高。施用生物有机肥能显著提高水稻产量。生物有机肥在大豆上的应用表明比同等养分的常规肥料相比，它能增加产量。生物有机肥做大麦的基肥，在大麦上应用广泛。生长前期可促根系生长，增加干物重，此外，还能提高大麦的抗逆性，减少倒伏和冻害。
育苗时施用效果最佳
提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后在阴凉处晾干，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长。同时，覆盖薄膜，以免杂菌混入。
定植穴施或沟施
穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土），施入后及时覆土。
避免：
一、避免开袋后长期不用。开袋后，其他细菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其施用效果。
二、避免在高温干旱条件下使用。在高温干旱条件下施用微生物肥料，微生物菌的生存和繁殖会受到影响，不能发挥良好的作用。
三、避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的农家肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥，同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
四、避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。
五、避免在阳光直射下使用。紫外线（波长240~280纳米）对微生物菌有较强的杀菌作用，尤其是波长253.7纳米杀菌作用最强，一般紫外线几秒钟就可达到杀菌效果。
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